「学生が全員来なかった」は全体否定(誰も来なかった)に読まれやすく、「全員は来なかった」は部分否定(来た人もいる)になる。
ここで働いているのが「は」の対比の機能で、否定の及ぶ範囲を限定する。「あまり」「必ずしも」「全部」などと否定の組み合わせは学習者が誤解しやすく、読解でも問われる。